六扇门和锦衣卫的建立时间、职能有所不同。锦衣卫是明朝洪武年间建立的，六扇门是唐朝设置的。锦衣卫只要是负责收集军事情报，还有不经过司法机构就能逮捕的权利；六扇门最初是为了清除隋朝的残余势力。随着不同的朝代更迭，职能也有所不同。
在影视剧中，经常会看到有六扇门、锦衣卫这样的神秘组织，对于他们的职能是什么、归谁管、谁的权力更大，具体有哪些不一样，大多数人都不是特别清楚。
总体来说，六扇门和锦衣卫，都是古代的一种调查部门。他们的区别，主要在成立时间、工作职责、监察对象和机构性质等四个方面。
一、成立时间。1、六扇门，是三法司衙门的总称，最初成立于唐朝。在唐太宗时期，为了解决江湖绿林的纠纷和残隋势力，而专门成立的组织。
因为，这个衙门有东、西、南三个方向对开的门，每对开门正好有两扇门，故统称为六扇门。
到了明朝万历年间，皇宫发生了三起大案，皇帝为了破案，就把一些江湖高手和衙门捕快组织到了一起，来追查这些大案。
由于六扇门破案速度快，手段又残忍，名声也就越来越响，成了人人皆知的衙门。
2、锦衣卫，是在洪武十五年设置。最初，它只是京城近卫军的一部分，主要职能是京城的守卫值守，后来又扩展到了侦察敌情、逮捕罪犯和审问案情。
直到永历年间，锦衣卫才被废除，存在时间长达290年之久。
二、工作职责。1、六扇门，在唐朝时期，主要职责是清除隋末的残余势力，解决江湖纷争。
到了明朝，六扇门就成了捕快中的一个特殊旁支，他们在衙门有地位、江湖有名头，主要是接江湖上发生的大案、要案，或缉拿长期被官府通缉的在逃犯人。
总体来说，六扇门是一个集武林高手、密探、捕快和杀手于一体的秘密政府组织。
2、锦衣卫，主要职责是搜集军政情报，铲除皇帝怀疑的人和势力。他们不一定都是武林高手，但权利非常大，对任何可疑之人，能自行逮捕、刑讯、处决，而不必经过一般司法机构审判。
三、监察对象。1、六扇门，在唐朝时期，针对的的隋朝残余势力和绿林帮派，明朝时针对的是江湖绿林人物。对于朝廷官员，无皇帝特别授权，他们是没有权力调查、审讯、逮捕和处置的。
2、锦衣卫，除了皇帝之外，谁都可能成为他们的监察对象，无论平民百姓，还是王公大臣，或是皇帝身边的人，一旦被他们怀疑，都可以自行调查、相机处置。
四、机构性质。1、六扇门，分别指的是刑部、大理寺和都察院，一般情况下为刑部统管。对比现代社会，他们的性质类似于公检法。
2、锦衣卫，受皇帝直接领导，是明朝搜集军政、敌方情报的专门机构。对比现代社会，他们的性质类似于特种作战部队。
